讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物就在次元刀刚刚成形的时候，申屠信看见了他，并立刻四蹄腾空，瞬间掉转了头尾，也就是在这个时候，陈源一声呼喝，双掌之间刚刚成形的次元刀像一道闪亮的电弧一般一闪斩向四五米外的申屠信。的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……
